Khu vực ngày nay là Aizuwakamatsu là một phần của tỉnh Mutsu cổ, và được định cư từ thời tiền sử. Aizu-Otsuka Kofun nằm trong biên giới thành phố từ thế kỷ thứ 4 sau công nguyên, và là một tài sản văn hoá quan trọng của Nhật Bản. Trong thời kỳ Sengoku và thời Edo, khu vực phát triển như một thị trấn lâu đài để Aizu Domain thành lập một phần trong các cổ phần của Aizu Domain trong thời kỳ Edo và là địa điểm của trận Aizu, một trong những cuộc xung đột lớn nhất của Boshin Chiến tranh. Sau thời Minh Trị Duy tân, thành phố Wakamatsu được thành lập với sự thành lập hệ thống các thành phố vào ngày 1 tháng 4 năm 1889. Thành phố này đã trở thành thành phố Wakamatsu vào năm 1899. Tên gọi này đã được đổi thành Aizuwakamatsu vào năm 1955.